مدرّس در دوره دوّم مجلس شورا به عنوان طراز اول روحانيت که بر اساس متمّم قانون اساسي بايد در مجلس حضور و نظارت بر مصوبات مجلس داشته باشد از طرف مراجع نجف اشرف معرفي شد و در مجلس شورا شرکت کرد. و بعد از دوره دوّم از دوره سوّم تا دوره ششم از تهران انتخاب شد و در تمام اين دوره پنج گانه در مجلس حضور داشت و در تمام اين مدّت با رضاخان که از طرف انگليس روي کار آمده بود و مدّتي سردار سپه و وزير جنگ و مدّتي رئيس الوزراء بود مبارزه کرد و در سال 1304 شمسي که مجلس انقراض سلطنت قاجاريه را اعلام و احمد شاه را خلع و رضا خان را به جاي او نصب کرد مدرّس با اين جريان نيز مخالفت نمود و با رضاخان مبارزه کرد تا اين که ششمين دوره مجلس خاتمه يافت و رضا خان که اکنون سلطان مملکت است تصميم گرفت بهر ترتيب ممکن از انتخاب مدرّس در دوره هفتم جلوگيري شود. بر اين اساس دولت و شهرباني و شهرداري شروع به تجهيزاتي کردند، و وکلاي دولتي نيز دسته بندي هائي را آغاز نمودند، و بالاخره در موقع انتخابات رأي دهندگان را زير نظر گرفتند و اگر کسي نام مدرّس را در تعرفه (ورقه انتخاباتي) مي نوشت تحت تعقيب قرار مي گرفت بنابر اين هيچ رأيي به نام مدرّس خوانده نشد به طوري که مدرّس گفت:
«من يک رأي براي خودم نوشتم آن کجا است؟»[1]
به اين ترتيب دست هاي جنايت کار رضا خاني يک عالم شجاع سياستمدار، آزاد انديش و آزادي خواه را از صحنه سياست کنار زد و صداي آزادي خواهي را در مجلس شوراي ايران خاموش کرد.
[1] . علي مدرّسي، ج1، ص 102 و مدرّس قهرمان، ج2، ص 775.